Принцип метода: основан на способности различных микроорганизмов оставаться окрашенными после воздействия спирто- и кислотосодержащими реагентами. Кислотоустойчивость обусловлена особенностями химического состава бактерий. 

Наиболее эффективные способы окраски по Циль-Нильсену для выявления спирто- и кислотоустойчивых бактерий, в частности семейства Mycobacteriaceae (микобактерий туберкулеза, лепры и др.) и некоторых простейших (криптоспоридий). 

Используемые при этом основной фуксин и метиленовый синий позволяют выявить, помимо бактериальной флоры, фуксинофильные внутриклеточные включения, характерные для некоторых вирусных, особенно респираторных, инфекций.
Исследуемый материал: форменные элементы, слизь, флора, бактериальный эпителий. 200 определений.